通过上次的驱逐李选侍一事，杨涟和左光斗现在已经摇身一变成为朝臣领袖，而且名声也变得十分响亮。天下无人不知是杨涟和左光斗一片孤忠，并串联忠心耿耿的太监王安，才挽救了大明社稷。
“浮丘不可如此。“现在方从哲虽然不想和杨涟争锋，但他实在也看不下这种欺负寡母孤女的行径，于是就苦口婆心地劝说道：“圣母（天启皇帝的生母）当年为才人时，选侍不过是一个年方十五的东宫婢女，若说一个十五岁的卑微婢女竟敢当着先帝的面殴打圣母，这……这怎么可能呢？而且把后宫之事诏告天下，也会有伤先帝之德啊。“
“吾辈是朝廷直臣，所图不过仗节直谏。“左光斗重重地横了方从哲一眼，突然脸上露出了恍然大悟的神色，“我想起来了，是方大人你推荐的贼臣李可灼……逆臣，我和你势不两立！“
东林党随后便弹劾内阁首辅方从哲谋逆、弑君，有十大罪、三当诛。方从哲被这一招吓得不轻，连忙称病不出，一连六次上表乞求退休。王安这个司礼监秉笔于是披红批准，曰可。
内阁首辅方从哲因涉嫌谋逆致仕（退休）后，东林党推举东林老宗师叶向高组阁，司礼监秉笔王安立刻披红批准。叶向高抵达京师后，和老友张鹤鸣等人携手组建了清一色的东林党内阁和六部。一个月前还不过是六品给事中的杨涟，因为在红丸、移宫两案中表现突出，一时风头无两，也升任左都御史兼工部尚书。
同时，在司礼监秉笔太监王安和东林党的催促下，天启诏告天下，宣布他生母王才人是被李选侍殴打致死的，而且李选侍一贯殴打自己和皇弟、皇妹。天启皇帝宣称，这次移宫案件完全起于李选侍意图谋逆，幸亏东林诸君子擎天保驾，方保住了大明的社稷。
现年不过十六岁的天启皇帝虽然一时妥协，但东林党似乎没有想到，皇帝有一天会长大。而且王安也不可能永远掌握司礼监，即使有外廷的支持，皇帝仍然可以轻易地从太监手中拿回自己的权柄。而一旦到了那个时候，只要天启皇帝不是一个像他父亲那样懦弱的天子，他还是可能会为今日的屈辱而报复的。
数年后，正是利用天启皇帝今日压下的愤怒，太监魏忠贤达到了他的目的，并几乎给东林党带来灭顶之灾。
天启年幼的弟弟后来继位当了崇祯皇帝，虽然给东林党的左光斗、杨涟平反了，但他对今天东林党的所作所为也仍然是不满意的。崇祯曾在召见周延儒时谈到了自己对以上三案的亲身体会：“此三事皆非。梃击一案，实系风癫。红丸一案，方从哲曾奏不可轻进，皇考（泰昌皇帝）揪然曰，朕势将不起，饮之或侥幸可生，不饮唯坐以待毙。此实皇考欲进，时朕与先帝（天启皇帝）俱在侧，岂从哲所为。移宫一事，尤为不情。当时皇考以朕与先帝俱失母，命李选侍抚养。渠爱如子，朕与先帝亦事之如母，所谓气殴、垂帘，皆外臣不知内廷事，有此纷纷。且魏忠贤团系巨恶，王安亦非善类。“
虽然崇祯皇帝的亲身证词说明了李选侍、方从哲等人的无辜，也间接证明了杨涟和左光斗等东林党人是靠捏造莫须有的“弑君“、“谋逆“、“垂帘听政“、“殴打圣母“、“虐待皇子“等罪名来陷害政敌的，然而，至少在泰昌元年十月，东林党终于靠欺压孤儿寡母取得了空前的政治权利，左光斗得意扬扬地宣称：“如今邪党尽除，众正盈朝！“
泰昌元年十一月，东林党认定齐党、楚党等党派都为邪党，一概要打倒。在这场弹劾邪党成员的浪潮中，他们给邪党成员、辽东经略熊廷弼扣上了“谋逆“、“靡费军饷“、“贪赃“、“拥兵自重“等十几项罪名，司礼监秉笔太监王安批红认可，下令将熊廷弼革职，勒令入京听候处分。
东林党内阁任命袁应泰为辽东经略，立刻组织对建州军的讨伐。在东林党中素有治水专家美誉的袁应泰自信饱满地赶赴辽东上任。他到任后，立刻下令撤除熊廷弼原先的各种部署，并随即向朝廷提出自己的方略。
袁应泰指出，在最近的一年来，辽东镇对建州军的战绩非常良好，尤其是在沈阳、奉集堡等战役中，明军数次野战获胜，足以显示明军远超建州军的野战能力。而且现在明军在辽东镇拥有战兵近七万，援辽兵一万余，对比建州军的两万披甲具有绝对优势，所以袁应泰认为全线进攻，一雪萨尔浒前耻的时机已经成熟。
首辅叶向高，阁臣王化贞，东林元勋高攀龙、杨涟、左光斗等人都对此极为称赞。但正在京师戴罪等候审讯的熊廷弼却大声疾呼，认为明军绝不能鲁莽从事，否则就会遭受重大损失，但当然没人理睬他，熊廷弼的奏疏被留中不发。
得到大家一致的鼓励和称赞后，袁应泰提出了更具体的方略，他主张把八万人分成三路，同时从北线、中线和南线三面攻打建州，这样，每一路的明军都会拥有两万以上的战兵。袁应泰认为，这样就足以保证每一路明军都具有单独面对建州军全军并战而胜之的能力。
这个方略再次得到了朝中的如雷赞许。袁应泰随即开始动手实施这个方略，同时还下令停止熊廷弼持之以恒的袭扰战。袁应泰认为全线的袭扰战消耗太大，而且也会导致大量士兵伤亡。停止了袭扰战以后，各部明军的物质消耗迅速减少到原来的一半不到，袁应泰一边为能替国家节省大批物资而沾沾自喜，一边命令各路明军加紧储备物资，他通令全军要在天启元年六月前做好准备，然后三路齐发攻入建州。
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